Espèce de bacille Gram positif, aérobie et sporulé. On le retrouve dans pratiquement tous les sols, l’eau, l’air et le feuillage des végétaux.

À l’état végétatif, Bacillus thuringiensis a la forme d’un bâtonnet de 5 µm de long sur 1 µm de large, pourvu de flagelles.