Miyori, fillette de 11 ans au caractère rebelle, doit s’installer chez sa grand-mère dans un petit village dans la montagne. Lorsqu’elle se rend en forêt pour la première fois, sa grand-mère lui donne une cloche pour ne pas déranger les « habitants de la forêt ». Elle y fait effectivement la rencontre d’êtres bizarres. Attirée le lendemain par un grand cerisier qu’elle a aperçu la veille, elle y retrouve ces êtres fantastiques qu’elle semble être la seule à voir. Sa grand-mère lui raconte alors que 10 ans plus tôt, lorsque Miyori était encore un bébé, elle avait été choisie pour être la nouvelle reine de la forêt. Sa grand-mère, encore reine de la forêt, compte bien lui léguer ce titre - car sa petite fille entend la « voix » de la forêt, et saura la protéger des hommes.