Il établit un bilan détaillé de l’état biologique d’un milieu aquatique ou de l’ensemble des rivières d’un territoire donné (un département, par exemple). Il fait un diagnostic des pollutions existantes, des dommages subis par la faune et la flore, définit des objectifs d’amélioration de la qualité des eaux, propose aux décideurs des mesures pour réaliser ces objectifs. Selon la mission qui lui est confiée, il peut par exemple établir un programme de repeuplement des rivières ou assurer le suivi d’un programme de gestion piscicole. De même, il établit dans le cadre d’un aménagement l’impact que le projet pourrait avoir sur la milieu et les êtres vivants et propose des mesures compensatoires.